Малинникова Е.Ю. окончила Московскую Медицинскую Академию имени И.М. Сеченова в 1992 г. Прошла путь от врача инфекциониста в Муниципальной больнице г. Королёва Московской области до главного врача.

Елена Юрьевна защитила в 2014 году докторскую диссертацию на тему: «Клинико-эпидемиологические характеристики гепатита Е в Российской Федерации». В 2015 году присвоено звание доктора медицинских наук.

Имеет специальности инфекционные болезни, по вирусологии, организации здравоохранения.

Является членом двух диссертационных советов Д 208.071.02 и Д 208.001.14

Елена Юрьевна автор более 100 научных работ, в том числе соавтором всех временных методических рекомендаций Министерства здравоохранения Российской Федерации по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции. С 2018 по 2020 – главный внештатный специалист по инфекционным болезням Минздрава России.

Член редколлегии научных журналов из перечня ВАК: «Инфекционные болезни. Новости, мнение. Обучение», «Терапия», «Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы».

Елена Юрьевна входит в состав президиума Общероссийской общественной организации «Всероссийское научно-практическое общество эпидемиологов, микробиологов и паразитологов»; общероссийских комиссий: в состав комиссии по верификации элиминации кори и краснухи в Российской Федерации и организации   подготовки материалов для представления  в  Европейскую региональную комиссию по верификации элиминации кори и краснухи (RVC);  экспертов по вопросам иммунопрофилактики инфекционных болезней; комиссии по вопросам биологической и химической безопасности Российской Федерации.

Награждена благодарственным письмом Президента РФ за особый вклад в реализацию приоритетных социальных проектов.

Сфера научно-практических интересов включает в себя: изучение вирусных гепатитов, клиника и эпидемиология вирусных инфекций, биологическая безопасность.