В 1988 г. он был переведен в Центральную клиническую больницу Четвертого ГУ при Минздраве СССР на должность заведующего гастроэнтерологическим отделением, где работал до 2017 года. В отделении было развернуто 45 коек, ежегодно проходили лечение около 1000 больных.

Научные интересы профессора И.О. Иваникова были связаны с нейроэндокринной регуляцией системы пищеварения, что отразилось в подготовке кандидатской диссертации на тему «Особенности эндокринного статуса у больных язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки» — 1979 г. и впоследствии в докторской диссертации — «Регуляторные пептиды при заболеваниях системы пищеварения», которая была защищена в 1992 г.

Им были разработаны и внедрены в практику радиоиммунологические методы определения биологически активных пептидов — гастрина, соматостатина, альфа и гамма эндорфинов. Это научное направление имело важное практическое значение, т. к. было связано с внедрением в клиническую практику первых пептидных препаратов — даларгина, семакса и галавита. С 1995 г. Иваников — профессор по специальности «Внутренние болезни». 1996 г. по 2003 г. совмещал работу в ЦКБ с работой в МГУ им. М.В. Ломоносова в должности профессора кафедры терапии факультета фундаментальной медицины.

С 2017 г. И.О. Иваников – научный руководитель по гастроэнтерологии ФГБУ ЦКБ с поликлиникой УД ПРФ, профессор кафедры гастроэнтерологии ФПДО РНИМУ им. Н.И. Пирогова – по совместительству.  За годы исследовательской и педагогической работы И.О. Иваников   подготовил 2 доктора и 13 кандидатов медицинских наук. Лауреат премии Ленинского комсомола 1980 г. в области науки, международной премии по информациологии 2002 г., премии г. Москвы в области медицины 2007 г. Заслуженный врач России – 2007 г. Автор 365 научных публикаций, включая 2 монографии, 17 методических пособий, 19 рационализаторских предложений, 3 патентов на изобретения и 50 зарубежных публикаций.

Длительное время И.О. Иваников — вице-президент Научного общества гастроэнтерологов России, член американской гастроэнтерологической Ассоциации (AGA), Европейской ассоциации по изучению печени (EASL). Академик Международной академии информационных процессов и технологий – 1998 г.  Участвовал в работе редакционных коллегий журналов: «Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология», «Российский медицинский журнал», «Терапевт», «Клиническая гастроэнтерология и гепатология. Русское издание», «Доказательная гастроэнтерология». С 2016 г. по настоящее время И.О. Иваников — главный внештатный специалист — гастроэнтеролог Главного медицинского управления УД Президента РФ.